Cronograma

Plano de trabalho — 48 meses

Visão geral

O cronograma está estruturado em 48 meses, aproveitando os dados clínicos já disponíveis e concentrando a geração de novos dados no componente ambiental. O estágio BEPE na McMaster University (12 meses) está programado para os meses 25–36.

Marcos do projeto

Meses 1–6 — Curadoria e preparo

Consolidação da base de dados

Curadoria final da base clínica (n=144) e metadados (T0/T1/T2; hospital; tipo de amostra). Padronização do pipeline reprodutível (conda, containers, versionamento). Preparo dos isolados ambientais: revivificação, checagem de pureza e confirmação de espécie.

Meses 7–12 — Sequenciamento ambiental

Geração de dados genômicos ambientais

Extração de DNA dos 27 isolados ambientais. Preparo de bibliotecas e sequenciamento Illumina. Controle de qualidade, montagem e anotação. Depósito de leituras e montagens em repositório público. Marco 1: Relatório técnico interno.

Meses 13–18 — Filogenômica integrada

Análise de vínculo epidemiológico

Filogenômica em nível de SNP integrando clínico + ambiental. Definição de clusters e eventos compatíveis com transmissão/persistência. Análise descritiva por fase (T0/T1/T2) e por unidade. Início do Manuscrito 1 (ambiental + vínculo epidemiológico).

Meses 19–24 — Resistoma e mobiloma

Caracterização comparativa

Resistoma, viruloma e mobiloma comparativo entre compartimentos. Integração com dados fenotípicos (CIMs) e informações de intervenção. Submissão do Manuscrito 1. Exame de Qualificação.

Meses 25–36 — Estágio BEPE (McMaster University, Canadá)

GWAS e sequenciamento long-read

GWAS bacteriano controlando estrutura populacional. Sequenciamento long-read de isolados selecionados (~20). Identificação de marcadores associados a isolamento ambiental e manutenção temporal. Elaboração do “perfil de risco genômico”. Manuscrito 2 (determinantes de persistência).

Meses 37–42 — Síntese e recomendações

Produtos para o SUS

Preparação de recomendações técnicas para CCIHs. Consolidação do pipeline e documentação pública. Planejamento de produtos de integração com CEPID ARIES. Manuscrito 3 (comparativo/BEPE).

Meses 43–48 — Finalização

Tese e defesa

Redação final da tese. Submissão e revisão de manuscritos. Apresentações em eventos. Relatório final. Defesa da tese.

Cronograma trimestral

Cronograma trimestral (A = Ano, T = Trimestre). ● indica atividade programada.
Atividade A1-T1 A1-T2 A1-T3 A1-T4 A2-T1 A2-T2 A2-T3 A2-T4 A3-T1 A3-T2 A3-T3 A3-T4 A4-T1 A4-T2 A4-T3 A4-T4
Revisão bibliográfica, PGD ● ●
Preparo DNA / Sequenciamento ● ● ●
QC, Montagem, Anotação ● ● ●
Filogenômica SNP integrada ● ●
Resistoma/Mobiloma comparativo ● ●
Manuscrito 1 (ambiental) ● ●
Exame de Qualificação ●
BEPE — McMaster (12 meses) ● ● ● ●
GWAS bacteriano ● ● ●
Sequenciamento long-read ● ●
Manuscrito 2 (GWAS/modelo) ● ●
Síntese e recomendações ● ●
Manuscrito 3 (BEPE/comparativo) ● ● ●
Redação da tese ● ● ●
Defesa da tese ●

Entregas principais

Marcos e entregas do projeto
Marco Prazo Entrega
M1 Mês 12 Genomas ambientais sequenciados e depositados
M2 Mês 24 Manuscrito 1 submetido + Qualificação
M3 Mês 36 Manuscrito 2 submetido + conclusão BEPE
M4 Mês 42 Manuscrito 3 + recomendações para CCIHs
M5 Mês 48 Defesa da tese + relatório final